鐵的混入
鐵會與清酒內所含，由麴菌所產生的的無色環狀縮胺酸デフェリフェリクリシン(DFCY)反應，進而產生稱之為フェリクリシン(FCY)的赤色、褐色環狀縮胺酸，為清酒著色原因之ㄧ，其可於釀造完成、上槽後的「濾過」階段，使用活性炭即可輕易地吸附並去除。
上面這張圖為月桂冠清酒近年的研究，發現麴菌所產生的的無色環狀縮胺酸デフェリフェリクリシン(DFCY)具有抗氧化作用，而與鐵離子結合後之赤色、褐色環狀縮胺酸フェリクリシン(FCY)則具有貧血改善效果。
所以這裡再來澄清一下對於清酒常見的一些錯誤認知，像是鐵混入後的清酒著色，甚至是被火落菌（非細菌，為乳酸菌的一種。）污染後酒質劣化、酸敗的清酒，不是不能喝，只是清酒不再是澄淨透明的、香氣及味道變成非釀酒師原本期望的樣子，至於香氣、味道變異後的優缺好壞，其實是見仁見智，畢竟每人喜好不同，如此而已。
稻米由來
原料米裡本身即內含微量的フラビン系色素（黃素系色素），但主要來源為麴米和蒸米經麴菌和酵母發酵作用後分解產生的ビタミンB₂（維生素B₂），又稱リボフラビン（核黃素）。
剛上槽的新酒，如「藪田式上槽」的「龜口直汲」清酒，多會帶有點淡青色和淡黃色的感覺，原因正是酒液中含有微量的フラビン系色素（黃素系色素），其亦可於前述上槽後的「濾過」階段，使用活性炭大部分去除。
上面這張照片為本人在公司內所拍攝剛上槽的新酒（龜口直汲），不好意思，雖然拍的不是很清楚，但仍然可以稍微看到，酒液帶有一點微微的淡黃色；附帶一提，我在去年底的個人ＩＧ，針對「龜口直汲」（參考本文）有寫了一些簡單的介紹，有興趣的人可以去看看喔！
清酒熟成
對於長期熟成清酒（古酒）的愛好者，應該都多少被那美麗的琥珀色、茶褐色所吸引吧？而又是為什麼熟成後的清酒會變色呢？主要為以下兩種反應在熟成階段不斷的持續反應：
- 梅納反應
清酒中的糖類和胺基酸（アミノ酸）及縮胺酸（ペプチド）結合之梅納反應（日：メイラード反応﹔英：Maillard reaction），其經過一連串的反應後會產生稱為類黑精或擬黑素的茶褐色物質（日：メラノイジン﹔英：Melanoidins），並於反應過程中伴隨產生各種不同酮、醛和雜環化合物等化學分子，構成熟成清酒特殊香氣與味道。
2. 焦糖化反應（卡拉密爾作用）
糖類在高溫時會脫水與降解，即便低溫冷藏，累積至一定能量時亦會產生化學作用，此反應稱之為焦糖化反應或卡拉密爾作用（日：カラメル反応﹔英：Caramelization），一開始顏色會變黃，然後持續加溫後漸漸變成茶褐色，甚至最後變成黑碳，並產生獨特的酸味、苦味，及焦糖化後的特殊香氣與味道。
除了上述兩個反應之外，熟成過程裡酒質差異會大大影響著色程度，含胺基酸和縮氨酸較多、清酒pH較高（偏鹼）的酒質，著色程度和著色變化會更明顯﹔此外，含鐵、銅、錳離子成分較多的酒質，該等金屬離子也會加速促進著色反應。
日光著色
太陽光裡的光線波長320～380nm（紫外線）直射裝有清酒的透明瓶子裡，大約1~3小時的時間，其著色反應變化提升至原本的2 ~ 4倍，且伴隨清酒的濁度提高及產生帶有蒜臭、腐臭味的「日光臭」（參考本文），而酒造用水裡錳的存在可催化此化學反應，加速清酒著色。
清酒的日光著色為一連串的化學反應，著色物質係由清酒內含多種化學成分所轉化而成，非單一反應，且包含至少經過錳離子為觸媒和無須經過猛離子為觸媒等兩種以上的反應模式，相關更深入的研究如今尚在持續進行中，這邊就先點到為止。
下圖為本人親自針對日光著色進行的實驗，左側為正常存放在低溫、陰暗處的清酒，右側為存放在白天可接收日照且下午西曬的地方持續兩週，看得出來已產生日光著色，顏色明顯偏黃。
（註：兩瓶清酒皆為同一桶槽釀造、儲藏，且裝瓶、出貨時間為同年同月同日。）
總結
清酒著色這個領域真的非常有趣，且鐵的混入、稻米由來、清酒熟成、日光著色後的顏色也有微妙差異，四大著色由來也都還有許多可以更深入探討的東西，有空可以個別深入再寫個幾篇。
另外有趣的是，清酒著色多半象徵另一個意義：伴隨香氣、味道的變化，特別是清酒熟成時的梅納反應和焦糖化反應，會產生古酒特有的奶油糖、焦糖、堅果、巧克力等正面香氣，當然也包含老香在內的負面香氣﹔至今這兩種反應的具體變化，如合成、分解等相關科學研究仍在持續進行中，尚有許多未解明的地方。
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